Testoasele afla unde este gelul, substanta mutagenica ce le-a transformat in fiinte cu aspect umanoid. Din pacate, canistra cu lichidul stralucitor intra pe mainile inamicului lor Shredder si mutantii sai aliati, Rahzar si Tokka. Folosindu-se de continut, Shredder isi mareste puterile. Avand acum un nou aliat, Keno, testoasele trebuie din nou sa demonstreze cine e cel mai bun luptator ninja.